Το νέο οργανόγραμμα της Η.Δ.Υ.Κ.Α.  Μ.Α.Ε. σύμφωνα με τον Κανονισμό Εσωτερικής Λειτουργίας διαρθρώνεται σε Διευθύνσεις και Γραφεία ως εξής: